İşlenen Dosyaları Daha Fazla Analiz İçin Buluta Yüklemek Üzere Kaluza Cytobank Eklentisini Kullanın

Kaluza Analysis programında* telafi ve veri dönüşümü için interaktif kaydırıcıları ve Cytobank platformunda* makine öğrenimi algoritmaları için bulut bilişimin gücünü birleştirerek veri analizi iş akışlarınızı nasıl hızlandıracağınızı öğrenin. Kaluza’dan doğrudan Cytobank hesabınıza veri yüklemek için adım adım talimatları içerir. Eklentiye mi ihtiyacınız var? Buradan indirin.

Ön analiz adımları da dahil olmak üzere, akış sitometresi verilerinin gelişmiş analizine ayrıntılı genel bakış

Şekil 1. Kaluza ve Cytobank platformu kapsamındaki Akış Sitometresi Analizi Veri Hattında izlenecek adımlar. Cytobank platformu otomatik telafi hesaplaması sunar ancak telafi matrisinin manuel olarak ayarlanması Kaluza’da daha kolaydır. İki eksenli diyagramlarda geçitleme adımları her iki sistemde de iyi çalışır. Keşif amaçlı veri analizi, kümeleme ve veri görselleştirme için Cytobank tercih edilen yazılımdır.

$name

Başarı için İpuçları

  • Cytobank’ta veri dosyalarını birlikte analiz edebilmek için parametre adlarının ve eksen etiketlerinin tutarlı olduğundan emin olun. Her ikisi de Kaluza’da kolayca ayarlanabilir.

  • Kaluza’da çok sayıda örneği işlemek için Batch Process Activity (Toplu İşleme Etkinliği) seçeneğini kullanarak parametre değerlerini ve önceden belirlenmiş bir telafi matrisini uygulamak gibi adımları otomatikleştirin.

  • Kaluza Cytobank Eklentisi, orijinal veri formatına bakılmaksızın verileri FCS dosyaları olarak dışa aktarır.


Prosedür

  1. Kaluza Analysis programına dosyaların aktarılması
    Dosyaları Kaluza Analysis yazılımına aktarmanın birden fazla yolu vardır. Tercih edilen yaklaşım, dosyaları analiz listesine sürükleyip bırakmaktır. Ek seçenekler için lütfen Kaluza Kullanım Talimatlarına başvurun.

  2. Parametre Değerlerini kontrol edin ve gerektiği şekilde ayarlayın:
    Parameters (Parametreler) bölmesi, orijinal Veri Kümesi içinde toplanan parametrelerin bir listesini içerir. Bu bölme, parametre adlarını, açıklamalarını, türlerini, dedektörleri ve ölçüm türünü düzenlemenizi sağlar.

  3. Tüm Diyagramları Ekle ve telafiyi ayarla
    Makine öğrenimi algoritmaları, uygun olmayan şekillerde ölçeklendirilmiş veriler veya fazla veya az telafi gibi faktörlerden kaynaklanan artefaktları tanımlayamaz ve sonuç olarak fenotipik olarak benzer hücreler arasında farklar ortaya çıkarabilir. Bu, viSNE haritasının birleşmesini önleyebilir ve kanal tarafından renklendirmeyi etkileyebilir. Bu nedenle telafi ve dönüşümün uygun şekilde ayarlanması önemlidir.

  4. İlgilenilen geçit öncesi popülasyonu
    Bir boşaltma kanalında tespit edilen birikintiler, çifte değerler ve sıklıkla da ölü hücreler veya istenmeyen olaylar, makine öğrenimi algoritmaları uygulanmadan önce giderilmelidir. Bu olaylar, aşağı doğru akış analizine bilgi eklemez, veri görüntülemesini olumsuz etkileyebilir ve uygun şekilde tanımlanmaz ve hariç bırakılmazsa istatistiksel sonuçları karıştırabilir.

  5. Kaluza Cytobank Eklentisi kullanarak verileri dışa aktar
    Eklentiler Sekmesinden Kaluza Cytobank Eklentisini açın ve Cytobank hesabınızda oturum açın. Kurulum talimatları için Kaluza Cytobank Eklentisi Kullanım Talimatlarına başvurun.

    6. Kaluza Cytobank Eklentisi arayüzü

    Şekil 2. Kaluza Cytobank Eklentisi.


    • 5.1. Bir çok dosya ile bir Kompozit üzerinde çalışıyorsanız, Veri Kümesi kombo kutusundan dışa aktarılacak Veri Kümesi öğesini seçin.

      • Kaluza Cytobank Eklentisi, Kaluza’dan gelen Parametre adlarını uygular ve bunları oluşturulacak FCS dosyasına uygular. Varsayılan olarak, Kaluza Analysis Yazılımı’nın telafi matrisi, yaptığınız tüm ayarlamalar dahil olmak üzere, FCS dosyasına dahil edilecek veya logicle dönüştürülmüş verileri dışa aktarırken verilere uygulanacaktır. Telafi edilmemiş verileri dışa aktarmak istiyorsanız "Telafi matrisi dahil" onay kutusunun işaretini kaldırın.

      Kaluza’da tanımlandığı şekilde logicle dönüşüm ayarını uygulamak için “Apply logicle transformation” (Logicle dönüşümünü uygula) kutusunu işaretleyin. Bu kutu işaretlenirse, verilere hem telafi hem de logicle dönüşümü uygulanacaktır. Cytobank yazılımındaki telafiyi veya dönüşümü ayarlayamazsınız.

    • 5.2. FCS anahtar sözcüklerini eklemek veya değiştirmek için, anahtar sözcükleri seçmek üzere “New and Modified Keywords” (Yeni ve Değiştirilen Anahtar Kelimeler) penceresindeki “+” simgesine tıklayın. Düzenlenebilecek anahtar kelimeler yeşil renkte görüntülenir. Düzenlemek için bir anahtar kelime seçin ve istenen değeri veya metni “New Value” (Yeni Değer) sütununa ekleyin.

      • FCS dosyasını kaydetmek istediğiniz konumu seçmek için ileri öğesini seçin.

    • 5.3. FCS dosyasının kaydedileceği konumu seçin. Bu adım, yeni oluşturulan FCS dosyalarını yerel olarak saklamanızı ve tek bir yüklemede Cytobank platformuna manuel olarak birden fazla dosya yüklemenizi sağlar.
      • Konumu tanımlayın ve "Kaydet" öğesini seçin.

    • 5.4. Cytobank platformunda yeni oluşturulan FCS dosyasını eklemek istediğiniz mevcut bir deneyi seçin veya yeni bir deney oluşturun.
      • Bir deney seçmek için Deney Seçimi listesinden deneyi seçin veya ID (Kimlik), deney adı veya amacına göre arayın.

      Kaluza Cytobank eklentisini kullanarak Cytobank deney yöneticisine yüklenen dosyaları gösteren arayüz

      Şekil 3. Kaluza Cytobank Eklentisi Deney Seçimi.

      • Yeni bir deney oluşturmak için “Create” (Oluştur) öğesini seçin. Daha sonra sizden bir Deney Adı, Amaç ve Yorumlar (isteğe bağlı) girmeniz istenecektir. Kaydet öğesini seçin.

      • Verilerinizi Cytobank Platformuna yüklemek için Yükle öğesini seçin.

      • İstendiğinde yükleme isteğini onaylayın.

    FCS dosyanız artık Cytobank Platformuna yüklenecektir.


  6. Cytobank platformunda verilerinizi analiz edin, bu veriler konusunda iş birliği yapın ve yönetin
    Cytobank hesabınızda oturum açın ve Deney Yöneticisinden bir Deney seçin

    7. Cytobank Deney Yöneticisi arayüzü

    Şekil 4. Cytobank Deney Yöneticisi.

     

    • 6.1. Deney Özetini açmak için Deneyi seçin. Deneyi girmek için Gelişmiş Analiz veya Geçit Oluşturma öğesini seçin.

    • 6.2. Ölçekler öğesini seçin ve veri görüntüleme seçeneğini optimize etmek için gerekli ayarlamaları yapın. Kaluza’dan logicle dönüşümü uygulanmış şekilde dışa aktarılan veriler Cytobank platformunda doğrusal ölçeklendirme ile kullanılmalıdır. Veri dönüşümünde başka bir ayarlamaya gerek yoktur. Geçitleme amaçları doğrultusunda gelişmiş görselleştirme için minimum ve maksimum ayarları yapmak isteyebilirsiniz. Bu, gelişmiş algoritmaların sonuçlarını etkilemeyecektir.

      • Bir dönüşüm uygulanmadan Kaluza’dan dışa aktarılan veriler için lütfen Cytobank platformunda uygun ayarlamaları yapın.

      • Ölçek düzenleyici içindeki bir alandaki herhangi bir değeri değiştirmek için üzerine tıklamanız yeterlidir. Alanı düzenlemeyi bitirdiğinizde, değişikliklerinizi tamamlamak için klavyenizdeki "return" (dönüş) tuşuna basın veya alanın dışına tıklayın.

      Cytobank platformunda veri ölçeklendirme hakkında daha fazla bilgi için Cytobank’ta Ölçekleri Ayarlama ve Cytobank’ta Güzel Diyagramlar Oluşturma kısmına başvurun.

      Cytobank ölçek ayarlama arayüzü

      Şekil 5. Deney Ölçekleri, veri dönüşümünün ayarlanmasını sağlar.

       

      Sonuç

      Kaluza Cytobank Eklentisi, Kaluza tarafından desteklenen sezgisel telafi ayarlamalarından ve Cytobank platformuna entegre edilen makine öğrenimi algoritmalarından yararlanarak, kullanıcının telafi edilmiş, dönüştürülmüş ve anonimleştirilmiş veri kümelerini Kaluza masaüstü yazılımından Cytobank bulut platformuna taşımasına olanak tanır. Her iki paketi birleştirmek, kullanıcıya geniş bir özellik ve işlevsellik yelpazesinden seçim yapma ve analiz veri hattını araştırma ihtiyaçlarına uyacak şekilde özelleştirme esnekliği sunar. Kaluza ve Cytobank platformu birlikte kullanıldığında, kapsamlı bir veri analizi çözümü sunar.

       

      * Yalnızca Araştırma Amaçlı Kullanım İçindir. Tanılama prosedürlerinde kullanmak için uygun değildir.

      Bu belge, Kullanım Talimatlarının yerine geçmez.