Akış sitometresi verilerini toplarken ve analiz ederken, analiz tutarlılığı ve kalite kontrol bir deney içerisinde ve zaman içinde gerçekleştirilen deneyler arasında verilerin geçerliliğinin sağlanmasında esas öneme sahiptir.

Kalite kontrol sorunları, deneylerin tezgahta gerçekleştirilme şeklinde bir değişiklik olduğunda ortaya çıkar. Veri edinimi ile ilgili sorunları gelecekteki bir paylaşımda ele alacağız. Bu paylaşımda, analizle ilgili kalite kaygılarını tartışacak ve bunları ele almaya yönelik birkaç Cytobank işlevini tanıtacağız.

Kalite kontrol ve analiz tutarlılığı ile ilgili sorunlar nerede ortaya çıkar?

– Veri toplamak ve analiz etmek için çok merkezli çalışmalar
– Bilim insanları laboratuvara girip çıkarken analiz ve sunumda tutarlılığı sürdürmek isteyen laboratuvar direktörleri
– Birleştirilmiş analiz ve sunum tarzıyla ilgilenen şirketler
– Çoğaltılabilirliği başarmayı amaçlayan tüm bilim insanları

Benzer deneyler arasında veri analizi stratejilerinin kopyalanması

Kütle sitometresi de dahil olmak üzere yüksek boyutlu akış sitometresine yönelik eğilim, bilim insanlarının artan hedef sayısını eş zamanlı olarak değerlendirmelerini sağlar. Bu, geçitleme hiyerarşilerinin, artan sayıda hücre alt kümesi ve sinyalizasyon bilgilerini içerecek şekilde geliştikçe daha karmaşık hale geleceği anlamına gelir. Sıklıkla aldığımız bir soru, benzer deneyler arasında aynı geçitleme şemasının nasıl uygulanacağıdır.

Cytobank üzerindeki benzer deneyler arasında tutarlılığı sağlamak için, ilgili deneyden yeni deneye geçitleri aktarabilirsiniz. Bu, ilgili deneyler arasında aynı geçitleme stratejisinin kullanılmasını sağlar ve geçitleme hiyerarşilerinin kopyalanmasında hatayı azaltabilir. Bu, araştırma gruplarının bir gruptaki herkesin belirli bir grup standardına bağlı kalmasını sağlamak istemesi durumunda da yararlı olabilir. Geçitler içe aktarıldıktan sonra, deneysel değişkenlik kaynaklarından saçılım farklılıkları olması durumunda, geçit konumlandırmasını buna göre uyarlamak için değiştirme seçeneğine sahip olursunuz.

İş birliklerinden gelen verileri merkezileştirme ve iletme

İster çok merkezli bir klinik araştırmaya veri katkısı sağlıyor olun, ister oda genelinde veya dünya genelinde bilim insanlarından oluşan bir ekiple iş birliği yapıyor olun, muhtemelen araştırma çalışmalarınızın sonuçlarını paylaşmak isteyeceksiniz. Farklı araştırmacılar tarafından elde edilen proje verilerini fiziksel konumlarından bağımsız olarak merkezileştirmek iletişimi kolaylaştırır. Sonuçta elde edilen rakamları altta yatan veriler, protokoller ve diğer destekleyici belgelerle ilişkilendirmek, araştırmacıların deneye geri dönebilmesini ve değerli bilgileri kaybetmeden analiz ve yorumlamayı her zaman yeniden çalışabilmesini sağlar.

Ancak bu bilgileri paylaşma şekliniz, projeye ve iş birlikçilerin rollerine bağlı olabilir. Bazı bilim insanları, bir araştırma projesinin başında iş birlikçilerine tam erişim vermek isteyebilir. Diğerleri, geçitler ve açıklamalar uygulandığında verileri paylaşmak isteyebilir, ancak çalışanların geçitleri veya açıklamaları değiştirmesine izin vermeyebilir. Bazıları sadece sonuçta elde edilen şekilleri paylaşmak isteyebilir. Tümü sonuçların altta yatan veriler ve deney ayrıntılarıyla ilişkilendirilmesini ister.

Cytobank üzerinde iş birliği yapılan taraflarla sonuçları paylaşırken erişim izin düzeylerini belirlersiniz: sadece şekilleri görüntüleyip görüntüleyemeyecekleri, rakamları yeniden düzenleyip düzenleyemeyecekleri (açıklamaları veya geçitleri değiştirmeden) veya deneye tam erişim sağlayıp sağlayamayacakları gibi. Analiz tutarlılığı açısından, Cytobank üzerindeki illüstrasyonların paylaşılması, iş birliği yapılan tarafların geçitleme gibi boyutları tekrarlamaya gerek kalmadan farklı şekil boyutlarını karşılaştırmak için şekillerin yeniden düzenlenmelerine olanak tanır, böylece analiz stratejileri arasında değişkenlik olasılığı azaltılır. Birkaç basit tıklamayla, illüstrasyonu tamamen yeniden oluşturmak zorunda kalmadan ve zamandan tasarruf ederek hata yapma olasılığını azaltırken, donöre, kanala veya stimülasyon durumuna göre karşılaştırılacak şekilde bir şekil yeniden düzenlenebilir.

Bir şekli paylaştıktan sonra, bir çalışma arkadaşınız orijinal analizinizde dikkate almadığınız bir soruyu araştırmak için temel ham verileri görmek isteyebilir. Cytobank'ta tüm şekiller ham verilerle bağlantılıdır. Bir çalışan, bir ısı haritası veya histogramın altında yatan nokta grafiklerini görüntülemek istiyorsa, illüstrasyon görünümü, diyagram düzenlerini ve risk karıştırmalarını yeniden oluşturmak zorunda kalmadan fareye yalnızca birkaç kez tıklayarak değiştirilebilir. Erişim izni verdiyseniz, iş birliği yaptığınız kişi, ham verileri yeni bir şekilde manipüle etmek için geçitleri ayarlayabilir veya şekillerin kaynaklandığı deneyin bir kopyasını oluşturabilir.

Kurumsal açıdan, iş birliği yapılan kişiler ilgili deneyleri projelere gruplandırmak isteyebilir ve diğer proje üyelerinin fiziksel konumları ne olursa olsun verileri görüntülemek (ve muhtemelen düzenlemek) için hemen erişim sahibi olmalarını sağlayabilirler. Buna ek olarak, deneylerin projelerde organize ve merkezi bir şekilde tutulması, verilerin zaman içinde kaybolmayacağı ve analizlerle bağlantılı FCS dosyalarının esasen geleceğe yönelik değişikliklerden etkilenmeyeceği anlamına gelir. Cytobank’ta, bir iş birliğin parçası olan deneyler, proje üyesinin fiziksel konumundan bağımsız olarak, o projeye bir deney atandığında proje üyelerine otomatik olarak erişim izni verilen Projeler olarak gruplandırılabilir. Projeler, iş birliği yapılan tarafların ilgili deneyleri gruplandırmasını sağlar ve proje liderleri proje üyesi erişim izinlerini yönetebilir, bu da bazı proje üyelerini yalnızca görüntüleme moduyla sınırlandırırken diğer üyelere ham verileri manipüle etme izni verir. Paylaşım araçlarımız, ham verilere bağlı İllüstrasyonları iş birliği yapılan taraflar ile doğrudan paylaşmanızı sağlar. Varsayılan bir özellik olarak, yüklediğiniz bir deneye erişimi olan tek kişi sizsiniz ve paylaşım araçlarımız size verilerinizi kimin görebileceğini ve ne kadar erişime sahip olduklarını kontrol etme yetkisi verir. http://www.cytobank.org adresindeki ana sunucumuza ek olarak, yalnızca araştırma grubunuz tarafından erişilebilen Cytobank'ın barındırıldığı modeller sunmaktayız.

Cytobank'ın barındırılan modelleri, katılımcıların nerede bulunduğuna bakılmaksızın büyük çaplı iş birliklerinden elde edilen verileri merkezileştirmenize yardımcı olabilir ve Projeler ham verilere bağlı şekillere erişim izinlerini ayarlamanıza yardımcı olur. Birleştirilmiş bir analiz ve sunum tarzıyla ilgilenen kurumlar da merkezileştirmeden faydalanacaktır.

Zaman içinde verilerin korunması

Ne kadar zaman geçmiş olursa olsun, en son kaldığınız yerden analize kolayca devam edebilmek için kapsamlı açıklamalı dosyalara sahip olmak çok önemlidir. FCS dosyalarınız bilgisayarınızdaki bir klasörde bulunuyorsa, ve analizler, protokoller ve notlarla bağlantısı yoksa, bir yıl sonra bir metin veya sunum hazırlarken bu deney klasörünü açtığınızda önemli deney ayrıntılarını hatırlayamama riskiyle karşılaşırsınız. Önceki bir gönderide açıklamanın önemi hakkında konuşmuştuk.

Cytobank üzerindeki analiz iş akışı, FCS dosyalarınıza açıklama eklemenize izin verir, böylece geçit oluşturma, stimülasyon koşulları ve zaman noktaları gibi bilgiler başlangıçtan itibaren deneyinizle ilişkilendirilir. Daha sonraki bir tarihte deneye geri dönmeniz gerekirse, bu açıklamalar kolay geri alma işlemi için korunur ve iyi organize edilir. Hangi parametrelerin Data.001 dosyasıyla örtüştüğünü merak etmeyi ve yanlış hatırlama riskini ortadan kaldırır. Oluşturduğunuz illüstrasyonlar, her türlü protokol, deney hakkındaki yorumlar (örneğin, anormallikler) ve diğer eklerle birlikte ham verilerle bağlantılıdır, böylece her zaman ham verilere bakabilir ve gerektiğinde yeniden analiz edebilirsiniz. Laboratuvar direktörleri, üyeler katıldıkça ve gruptan ayrıldıkça, verilere iyi bir şekilde açıklama eklendiğinde ve veriler merkezileştirildiğinde laboratuvar sürekliliğini kolayca koruyabilir. Cytobank, deneylere ve Projelere eklenecek PI’lar için çalışmaları denetleyebilecekleri ve bu sürekliliğin korunmasına yardımcı olabilecekleri araçlar sunar.

Analiz yinelemeleri için deneylerin klonlanması

İster yüksek boyutlu akış sitometresi ile ister basit deneylerle çalışıyor olun, önceki bir analizi silmeden alternatif bir analiz stratejisini keşfetmek istediğiniz zamanlar olacaktır. Cytobank’ta bir deney içinde birden fazla Çizim görünümü oluşturup kaydedebilirken (nokta diyagramları, histogram katmanları, ısı haritaları vb.), bazı dosyalarınızın şekil boyutları içinde nasıl gruplandırıldığını değiştiren bir analizi yinelemek istediğiniz zamanlar olabilir. Örneğin, donör, zaman noktası ve stimülasyon koşulu atamaları gibi diğer açıklamaları korurken farklı bir geçit oluşturma şeması denemek isteyebilirsiniz. Veya belki 30 kanallı, barkodlu bir deney çalıştınız ve analiz için daha küçük parçalara ayırmak istiyorsunuz. Belki birine akış sitometresi analizi yapmasını öğretiyorsunuz ve boş bir sayfa ile başlamak istiyorsunuzdur.

Değiştirmek istediğiniz yön/yönler dışında analizin her yönünün korunduğu bir deneyin bir kopyasını oluşturmak için deney kopyalama araçlarımızı kullanın. Telafi, geçitler, dipnotlar, ekler ve protokoller, reaktif adları ve daha fazlası hakkında bilgi aktarma seçeneklerimiz bulunmaktadır. Klonlama hakkındaki son blog gönderimizden bu konuda daha fazla bilgi edinin.

Sorularınız, yorumlarınız veya önerileriniz için bize bir not gönderin!
– Angela